İl merkezinin kuruluşu MS.16.yy'a rastlamaktadır. 1560 yıllarında Bozok ismiyle kaynaklara geçmiştir. Bozok ismi, 16.yy'da buraya yerleşmeye başlayan Bozok Türkmenleri tarafından verilmiştir. Yozgat ismi ise 1927 yılında T.B.M.M. kararıyla verilmiştir. Yozgat İl Merkezinin tarihinin çok yeni olması Yozgat ve çevresinin antik dönemde yerleşim görmediği anlamına gelmemektedir. Nitekim bölge çok eski devirlerden günümüze kadar yerleşim görmüştür. Bu, bölgede yapılan birçok araştırmalar sonucu kanıtlanmıştır.
Yapılan araştırmalar sonucu bölgede Kalkolitik dönemden itibaren yerleşimler olduğu anlaşılmıştır.

Yozgat’ın genel bir kronolojisi verilecek olursa:
Kalkolitik Dönem: Taş ve Maden Çağı. M.Ö. 5500 - 3000 yılları arası. Bu dönem 3'e ayrılır. 

a- Erken Kalkolitik: M.Ö. 5500 - 4500
b- Orta Kalkolitik: (M.Ö. 4500 – 4000) Yozgat yöresinde Orta Kalkolitik sonlarına doğru kalıntılar ve yerleşim izlerine rastlanmaya başlanmıştır. Bu dönem merkezleri Alişar (Sorgun) ve Kaletepe Höyük’tür. (Aydıncık)  
c- Geç Kalkolitik: (M.Ö. 4000 – 3500)

Bu dönem merkezleri Alişar ve Kaletepe Höyük'tür.

• Tunç Devri: (M.Ö. 3000 – 1200) Bu dönem merkezleri Alişar, Çengeltepe, Mercimektepe Höyük'tür.
• Hitit Devri: (M.Ö. 1800 – 1200) Bu dönem merkezleri Alişar, Mercimektepe - Hitit beylikler dönemi (M.Ö. 1200 - 1100).
• Frig Devri: (M.Ö. 750 – 680) Bu dönemde Alişar yöresinde Frig yerleşimleri olmuş, son buluntulara göre Kerkenez Dağı’nda (Sorgun) ortaya çıkarılan Frigce yazıtlardan burada da bir Frig kenti kurulduğu anlaşılmıştır.
• Med Devri: M.Ö. 700' lerde Alişar'da ve Kerkenez Dağı’nda izleri görülür.
• Pers Devri: Anadolu'da M.Ö. 540 - 333 yılları arasında hâkimiyetleri vardır. Merkez olarak şu ana kadar Alişar verilebilir.
• Helenistik Dönem: (M.Ö. 330 – 30) Bu dönemin başlarında Alişar’da Büyük İskender devri izleri görülür.
• Galat Çağı: (M.Ö. 280 – 25) Galatlar M.Ö. 3. yüzyılda Orta Anadolu'ya göç etmişler ve bunların Trokmi kolu, Hitit kaynaklarında Taviniya olarak geçen  (Büyüknefes Köyü) bölgeye yerleşmişler ve Tavion isimli şehri kurmuşlardır. Tavion bir ticaret merkezi olarak gelişmiştir. Bundan başka Alişar'da da Galat istilası izleri görülür.
• Roma Devri: Anadolu için Roma çağı M.Ö. 30 - M.S. 395 bu çağda Yozgat’ta birçok yerde Roma izleri görülür. (Tavion, Alişar, Tarbosthane (Sarıkaya), Yerköy)
• Bizans Dönemi: M.S. 395 - 1071 yılları arası. Şimdiye kadar Yozgat’ta Bizans izlerinin görüldüğü merkezler şunlardır: Alişar, Tavion, Çeşka, Sarıkaya ve Kazankaya Kanyonu, Yenifakılı, Özler.
• Selçuklu ve Osmanlı Devirlerine ait birçok eser de Yozgat ve ilçelerinde yer bulunmaktadır: Çandır Kümbeti, Çayıralan Çerkezbey Türbesi, Saraykent Çinçinli Sultan Hanı, Behramşah Kalesi, Çekereksu Hanı ve Köprüsü, Çapanoğlu Camii vb. (Yozgat İli, Akdağmadeni İlçesi Muşali Kalesi)

Kaynak : 

T.C. Yozgat Belediyesi