Aslen Kayseri’nin Cami-i Kebir mahallesinden olup Yozgat’ın Gedik Hasanlı Köyü’ne yerleşmiş aileye mensuptur. Kayseri de Cücezadeler makamıyla tanınan bu aileden olan Ali Efendi’nin ortanca oğludur. 1853’de Yozgat’da doğar. Tahsiline ilk olarak doğduğu köyde başlayıp daha sonra Osman Paşa Medresesi’ni bitirir. Bilahare Kayseri’ ye giderek orada tanınmış ulemadan müritzade Ali Efendi’den ve diğerlerin den icazetname alır ve Yozgat’a döner.
 
Mehmed Şakir Efendi Yozgat’da Demirli Medrese’de hem Osmanlı döneminde, hem de Cumhuriyet döneminde Müderrislik yapar. Okuduğu Osman Paşa Medresesi’nde bir süre müderreslik yaptıktan sonra medreselerin kapatılmasıyla köyüne çekilerek İmam-Hatiplik yapar ve halkı irşada devam eder.
 
Din ilimlerinde, Arapça, Hadis ve özellikle Kur’an ilimlerinde, Tefsir’de vukufiyeti olan Şakir Efendi’nin ruus (doktora) imtianı vererek dersiam olduğu; kendisini müstahıkkın-i ilmiye maaşı tahsis edildiği halde devletten bu maaşı kabul etmediği, çevresinde meseleyi yakınen bilenler tarafından ifade edilmektedir; fakat bu konuda resmi bir belgeye raslanmamıştır.
 
Mehmet Şakir Efendi vücutca sıhhatli olmasına rağmen ömrünün son yıllarında iki gözünü birden kaybeder. Kendisi Nakşbendi Tarikatı namensup kâmil bir mürşiptir. Kerametleri ve menkabaleri halk arasında dilden dile dolaşan Mehmet Şakir Efendi 1937 yılında Gedikhasanlı köyünde vefat eder ve köy kabristanlığına defnedilir. Mezarı sevenleri tarafından ziyaretgâh olarak yaptırılmış olup günümüzde de ziyaret edilmektedir.